雲泉仙館原本位於廣東南海市西樵山白雲洞，建於清道光27年（1847年），主殿為贊化宮，奉祀孚佑帝君呂純陽。白雲洞則是南海人何中行（號東江）於明嘉靖年間所開闢。其子何亮（字子明），於此設置書室，讀書修煉，號白雲主人。入清以後，道光18年（1838），以南海龍津堡鄉紳李宗簡（字文川，號莘野）為首的一群修道者至此隱居。道光27年，李宗簡、馮贊勳等當地鄉紳將玉樓書院故址擴建為雲泉仙館，至咸豐8年（1860年）竣工，李宗簡成為仙館第一位住持。
 
1938年中國抗日戰爭期間西樵淪陷，由吳禮和道長等道侶因此南下香港，組織臨時賀誕會，於1944年於德輔道西創立香港雲泉仙館。1975年購得新界坪輋園林地， 1986年擴建呂祖純陽寶殿舉行開光陞座典禮，同時舉辦第一屆菊展會開幕。

經多年的擘劃修築，落成的有贊化宮、靈官殿、太歲殿、崇先堂、藏經閣、文物閣、鐘樓、鼓樓、東齋、西齋﹑南齋﹑靈灰莊及財神殿等系列道教古式建築群。特別之處，在於贊化宮前還立有一對雕刻精美的「華表」，據吳耀東館長介紹，此乃參照西樵山舊館的建築；加上地勢關係，所以置立於大殿前，顯得壯麗堂皇。